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显微分光光度计在实验室发现和定量微小物质方面是非常有用的。例如生物学家可以分析单个细胞的成分，医生用来诊断癌症. 用显微分光光度计在观察样品的同时可以很容易得到2um大小样品的直接的光谱. 这个特性就允许对样品作更为精细的测量，不受周围物质的干扰。另外，因为大多数物质、甚至无色的物质，在紫外部分的吸收能力远强于可见和红外部分，紫外显微分光光谱在任何领域进行化合物分析都是非常有用的

在生物领域，可以用来做细胞和细胞成分分析。在半导体工业领域，可以用来发现能发荧光的微小污染物，以及在硅片被切成芯片前测量硅衬底上薄膜的厚度。在平板显示器领域，用来检查红、绿、蓝点阵的薄膜厚度和杂质水平。在文检方面，用来测定文件的年龄以及墨水和纸张的颜色和紫外光谱特性。显微分光光度计不仅可以测吸收光谱，还可以测量反射和荧光光谱。

系统提供测量与处理数据同时在图象与光谱的窗口上。 提供测量光谱的特征（如透光率或吸光率）和它们的颜色表达。