一般的样本处理，必须经过固定、脱水、澄清、加热、包埋、切片、染色、再加热、再脱水、再染色、再包埋……，在这制造过程中，往往切下去的组织切片不是切掉了，就是在脱水加热过程中把脂质去掉，要不就是包埋液中的化学物质造成样本型态扭曲变形，组织型态及成分变得非本来面目.

Detection of A deposits in fly brain.(A-H).  Whole-mount A Immunostaining (green) and
nuclear staining (red) in the neuropil region  (A-D) and Kenyon cell layer (E-H)

激光共聚焦显微镜技术，激光共聚焦显微镜最重要的
功能是能去除对焦不清楚的噪声，清楚地观察到厚片
样本组织内部荧光物体的显微构造影像。 然而，没有
一个好的荧光样本，激光共聚焦显微镜也不可能产生
高解析的影像。
组织透明澄清的重要性，样本越自然越好，越能确定
样本三维结构的完整性。

约毫米(mm)厚（一颗果蝇的脑组织不过约莫0.15公厘）
的组织自然样本滴上FocusClear TM后，在共轭焦显微
镜底下，变得完全透明，可进行组织细胞各种三度空间上的立体结构重组，或是定量上的分析。

不仅能观察活体组织体的表面，还可以观察组织的深部结构，包括组织内的细胞、血管、神网络等立体结构，或细胞内各项结构、分子及离子的立体分布与瞬间的变化，科学家正进一步探索这些基因在脑中的神经网络如何分布与表达, 建构一个3D、甚至加上时间变量的4D空间系统地图数据库 .

果蝇脑组织3维重构

利用整个果蝇脑神经网络立体模型图形,并将建立的技术
进一步应用于建构老鼠及人脑图谱,以助于了解人脑神经
网络及基因表现分布与其功能之间的关系 .人类脑的各种疾病，都可以在果蝇研究模式系统中找到基层的回答
如阿兹海默氏症、神经退化失调研究、帕金森症、杭氏舞蹈症等